Gülhane Askeri Tıp Akademisi Tıp Fakültesinde halen Genel Cerrahi Anabilim Dalı olarak eğitim ve sağlık hizmeti sunan Genel Cerrahi kliniği, 1898 yılında Prof. Dr. Robert Rieder yönetiminde Sarayburnu'nda Topkapı surları içerisindeki Askeri İdadi binasında yapılan değişikliklerle oluşturulan GÜLHANE SERİRİYAT Hastanesinin kuruluşu ile aynı tarihte faaliyete başlamıştır. Prof. Dr. Robert Rieder Askeri Tıbbiyedeki reform çabalarının bir parçası ve ilk uygulaması olarak, yurt dışından uzman hekim getirilmesi düşüncesi ile, Alman İmparatoru II. Kaiser Wilhelm ile yapılan anlaşma ile Bonn Üniversitesinden getirilmiştir. Daha rahat ve etkin olarak çalışabilmesi için kendisine Liva (Tuğgeneral), yardımcısı Hamburg Eppendorf Hastanesinden getirilen Prof. Dr. George Deycke'ye de Miralay (Albay) rütbesi verilmiştir.
Resmi olarak 5 Haziran 1898 de göreve başlayan Rieder Paşa sadece Gülhane Askeri Tatbikat mektebi ve hastanesini kurmakla kalmamış, aynı zamanda kendisine yeni inşa edilmekte olan Haydarpaşa Askeri Tıbbiye binasının inşaatını kontrol görevi de verilmiştir. Nitekim inşaatı denetlemek amacıyla 1902 de bir gün burayı gezerken ikinci kattan düşerek omurgası kırılmıştır. Uzun süre tedaviye rağmen sakat kalan ve 1904 yılında emekli olarak ülkesine dönen Rieder Paşa, Gülhane'de görev yaptığı 1898 - 1904 yılları arasında cerrahi uygulamaları yanında cerrahi dersleri de vermeye devam etmiştir.
Dışardan uzman getirmekle sağlık hizmet sunumunun yürütülemeyeceğinin bilincinde olan Rieder Paşa'nın seçtiği beş hekimin Almanya'da eğitimlerini yaparken izlediği yol örnek olacak şekildedir. Bu amaçla önce ayrıntılı bir eğitim programı hazırlamış, dönüşlerinde alacakları görevlere uygun bir eğitim görmelerini sağlamış, dönüşlerinde ciddi bir sınavdan geçirdikten sonra yeniden Gülhane'de kadroya almıştır. Nitekim bu hekimlerden Tbp. Yzb. Orhan Abdi (Kurtaran) Beye hariciye, ortopedi ve harp cerrahisi polikliniği sorumluluğu verilmiştir.
Türk tıbbında ilk düzenli hastane hemşireliğinin örneği yine Dr. Rieder zamanında ve onun gayretleri ile getirilen beş Alman hemşire sayesinde yerleştirilmiştir. Dr. Rieder'in cerrahiye kazandırdığı bir yeni anlayış ise diğer hastanelerde yapılmaktan kaçınılan iyileşme olasılığı az ve komplike ameliyatların da Gülhane'de yapılmaya başlanmasını sağlamasıdır. Dr. Rieder'in kaza sonucu sakatlanması ile cerrahi klinik sorumluluğu 1900 yılında Almanya'dan döndükten sonra Gülhane'de çalışmaya başlayan Dr. Kerim Sebati(Güngör) beye verilmiştir. Ancak Dr. Kerim Sebati Bey kısa bir süre sonra Mısırda görevlendirildiği için ayrılmıştır.
Onun yerine yine Almanya'dan getirilen Prof. Dr. Julius Wieting Paşa'ya (1904-1914) görev verilmiştir. Gülhane'de asıl Harp Cerrahisi alanında çalışmalar bu dönemde başlar. Güney Afrika sömürge savaşlarına katılan ve bu alanda deneyim kazanmış olan Dr. Wieting'e bu devrede Dr. Orhan Abdi(Kurtaran) Bey (1904-1909) yardımcılık yapmıştır. Dr. Orhan Abdi Bey 1909 yılında sivil ve Askeri Tıbbiyenin birleştirilmesi nedeniyle yeni Tıp Fakültesi öğretim üyeleri arasına katılmıştır. Dr. Wieting bunun üzerine Röntgen ve Cerrahide stajını yapmakta olan Tbp. Yzb. M. Kemal Öke'yi (1909-1914) kendisine yardımcı olarak atamıştır. Wieting Paşa Tbp. Yzb. M. Kemal Öke'yi Harp Cerrahisi bilgisi edinebilmesi için Trablusgarp savaşında Derne Cephesine röntgen ve cerrahi uzmanı olarak göndermiştir. Bu savaşlardan sonra Gülhane'ye dönen Dr. M. Kemal'in (1912-1913) Balkan Savaşlarında yaralıların tedavisinde önemli hizmetleri olmuştur. Prof. Dr. Wieting (1907-1914) aynı zamanda hastane yönetimini de üstlenmiş ve bu görevi de başarı ile sürdürmüştür. Dr. Wieting bu dönemde cerrahi disiplini en önemli hedef olarak benimseyen yeni bir ekip anlayışı geliştirmiş ve Gülhane'yi bir klinik hastanesi değil, askeri tıbbın uygulama okulu haline dönüştürmüştür.
Prof. Dr. Wieting'in 1914 yılında Almanya'ya dönmesi ve I. Dünya savaşı süresince Gülhane öğretim üyelerinin cephelerde çalışması nedeni ile Gülhane'de eğitim ve öğretim bir süre duraklamıştır. Bu dönemde Gülhane'nin başına Dr. Zelling (1914-1917) getirilmiş, cerrahi servisini ise Dr. Brunning yönetmiştir.
Gülhane 1918 yılında Fransızlar tarafından işgal edilince hastane bütün klinikleri ile Gümüşsuyu Askeri Hastanesi'ne intikal etmiş, İstanbul'un işgalinin sona ermesinin ardından, 2 Ekim 1923 de tekrar eski binalarına geçmiştir. Bu arada cerrahi kliniği ikiye ayrılarak Prof. Dr. M. Kemal Öke 1. Cerrahi Kliniği direktörlüğüne, Prof. Dr. Murat Cankat ise 2. Cerrahi Kliniği direktörlüğüne atanmıştır. Bu ayrılık 1984 yılına kadar sürmüştür. 1918 yılında I. Hariciye Kliniği Direktörlüğüne atanan Prof. Dr. M. Kemal Öke, 1'nci Dünya Savaşı sonrası Gülhane'de öğretim üyesi olarak görevini sürdürürken İstiklal Savaşının başlaması üzerine Anadolu'ya geçerek Ankara Cebeci Hastanesi cerrahi kliniğinde görev almıştır. Bu sırada cephe harbi için hazırlanan "Kızılay Ağır Mecruhin Hastanesi" başhekim ve operatörlüğüne seçilmiştir. Bu nedenle harp sonuna kadar orada kalıp, savaştan sonra tekrar Gülhane'deki cerrahi kliniği öğretim üyeliği görevine dönmüştür. Prof. Dr. M. Kemal Öke emekli olduğu 1941 yılına kadar çok sayıda ve değerli askeri cerrahın yetiştirilmesinde rol almıştır.
Prof. Dr. M. Kemal Öke 1. Dünya Savaşı ve İstiklal Savaşı sırasındaki yoğun işleri ve cerrahi faaliyetleri yanında Viyana, Almanya ve Brüksel deki cerrahi kongrelerine katılmış ve 1927 yılında hükümet tarafından eğitim amacıyla Amerika'ya gönderilmiştir. Bu arada başarılı çalışmaları nedeni ile kendisine "Mecidi Kılıçlı", "Osmanlı Harp", "İstiklal Madalyası" ve "Amerikan Salip" nişanları verilmiştir.
Prof. Dr. M. Kemal Öke'nin emekliliğinin arkasından 1. Hariciye Kliniği Direktörlüğüne Prof. Tbp. Alb. Kamil Sokullu(1941) getirilmiştir. Dr. K. Sokullu dört yıllık bir başkanlık dönemi sonunda 1945 yılında Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Cerrahi Kliniğini kurmak üzere Gülhane'den ayrılmıştır.
Aynı dönemlerde 2. Hariciye kliniği (sonradan 2. Cerrahi ve Harp Cerrahisi Kliniği adını almıştır) muallimliği ve klinik direktörlüğüne Prof. Tbp. Albay Murat Cankat(1918) atanmıştır. Prof. Tbp. Alb. Murat Cankat çağdaşı diğer askeri tabipler gibi Gülhane Tatbikat Hastanesi'ndeki hizmeti yanında Balkan ve İstiklal savaşlarında da görev almıştır. Bu arada sinir sistemi cerrahisi, ortopedi ve plastik cerrahi alanındaki çalışmaları Gülhane'de bu dalların kurulmasında ilk adımları teşkil etmiştir. Emekliye ayrıldığı 1944 yılına kadar Genel Cerrahi ve Harp cerrahisi prensiplerinin ülkemizde yerleşmesinde büyük katkıları olmuştur.
Prof. Dr. Murat Cankat'ın (1945) emekliliği üzerine 2. Cerrahi ve Harp Cerrahisi klinik direktörlüğüne atanan Prof. Dr. Şevket Pek'in vefatı üzerine direktörlüğe Prof. Dr. Recai Ergüder (1946) atanmıştır. Bu arada Gülhane, 24 Temmuz 1941 tarihinde bütün klinikleri ile İstanbul'dan Ankara Cebeci Merkez Hastanesi'ne taşınmıştır. Bünyesinde, 1945 yılında Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi kurulan ve Gülhane Askeri Tıp Akademisi adını alan Gülhane, Cebeci Kampüsünü ve oldukça fazla sayıda öğretim üyesini de yeni kurulan tıp fakültesinde bırakarak, 1947'de şimdiki Kara Kuvvetleri binasına taşınmıştır.
Cerrahinin her sahasında birçok yenilikleri üstün bir başarı ile uygulayan Prof. Dr. Recai Ergüder II. Dünya Savaşı sırasında Mısır ve daha sonra Alman-Rus cephesinde incelemelerde bulunmuştur. Deneyimlerini "Harp Cerrahisi" adlı bir kitapta yayınlamıştır. 1956 yılında Tuğgeneral, 1959 yılında Tümgeneral olan Prof. Dr. Recai Ergüder, kan transfüzyonları konusundaki çalışmaları ile Gülhane Askeri Tıp Akademisi'nde Kan Bankasını kurarak, ülkemiz için bu konuda ilk ve önemli adımı atmıştır.
Cerrahinin her sahasında birçok yenilikleri üstün bir başarı ile uygulayan Prof. Dr. Recai Ergüder II. Dünya Savaşı sırasında Mısır ve daha sonra Alman-Rus cephesinde incelemelerde bulunmuştur. Deneyimlerini "Harp Cerrahisi" adlı bir kitapta yayınlamıştır. 1956 yılında Tuğgeneral, 1959 yılında Tümgeneral olan Prof. Dr. Recai Ergüder, kan transfüzyonları konusundaki çalışmaları ile Gülhane Askeri Tıp Akademisi'nde Kan Bankasını kurarak, ülkemiz için bu konuda ilk ve önemli adımı atmıştır.
Prof. Tbp. Tuğg. Nihat Artunkal'ın emekliliği üzerine 2. Cerrahi ve harp cerrahisi kliniği direktörlüğüne Prof. Tbp. Alb. Yusuf Yazıcı atanmıştır.
Prof. Tbp. Alb. Yusuf Yazıcı'nın sekiz yıllık klinik direktörlüğü yaptıktan sonra emekli olması üzerine Prof. Dr. Sabri Devecioğlu bir yıl süre ile klinik direktörlüğü görevini yürütmüştür.
Gülhane'den Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi'nin ayrılmasının ardından 1. Cerrahi Kliniği direktörlüğüne atanan Prof. Dr. Necmi Ayanoğlu, 1962 yılında Tuğgeneral yapılarak Gülhane Askeri Tıp Akademisi Komutanı olmuştur. 1965 yılında Tümgeneralliğe yükselmiş ve bu görevini 1971 yılına kadar sürdürmüştür.
Prof. Tbp. Tümgeneral Necmi Ayanoğlu'nun komutan ve 1. Cerrahi Kliniği Direktörü olduğu dönemde özel bir kanunla halen Gülhane Askeri Tıp Akademisi ve Tıp Fakültesi'nin faaliyet gösterdiği Etlik Kampüsünde 800 yataklı hastane binası inşaatı tamamlanmış, 1-2'nci katlarına Cerrahi klinikleri yerleştirilmiştir.
Prof. Tbp. Tümgeneral Necmi Ayanoğlu'nun emekli olması ile boşalan 1. Cerrahi kliniği direktörlüğüne Doç. Tbp. Alb. Necati Kölan (1971) atanmıştır. Amerika Birleşik Devletlerinde Kardiotorasik Cerrahi ve Damar Cerrahisi konularında eğitim gören ve 1977 tarihinde Tuğgeneral olan Prof. Tbp. Tuğg. Necati Kölan'a, 26 Eylül 1978 tarihinde aynı zamanda Gülhane Askeri Tıp Akademisi Komutanlığı görevi de verilmiştir. 30 Ağustos 1981 de Tümgeneral olan Prof. Dr. Necati Kölan'ın 7 yıl süren cerrahi klinik direktörlüğü, arkasından Anabilim Dalı Başkanlığı ve Komutanlığı döneminde Gülhane ve Genel Cerrahi Klinikleri önemli atılımlar yapmıştır. Genel Cerrahi Kliniği içinde yoğun bakım ünitesi kurulmuş, ilk böbrek nakilleri, ulusal cerrahi klinikleri arasında müşterek kongre düzenlemeleri bizatihi kendilerinin başkanlığında yürütülmüştür. Bu dönemde 1918 yılından beri ayrı üniteler olarak çalışan 1. ve 2. cerrahi klinikleri, Genel Cerrahi Anabilim Dalı adı altında birleştirilmiştir. Akademik yapılanmada ise Askeri Tıp Fakültesi'nin yeniden kurulması (1980), Hemşirelik Yüksek Okulu (1985) en önemli olanlarındandır. Tıp Fakültesinin kuruluşu ile aynı zamanda Dekanlık görevini de üstlenen Prof. Tbp. Tümgeneral Necati Kölan, 30 Ağustos 1988 tarihinde emekli olmuştur.
Prof. Tbp. Tümgeneral Necati Kölan'ın arkasından Genel Cerrahi Anabilim Dalı Başkanlığını bir yıl süreyle Prof. Tbp. Alb. Y. Avni Tartan (1988-1989) yürütmüştür. 30 Ağustos 1989'da Prof. Dr. Fahrettin Alpaslan ve Prof. Dr. Sabri Devecioğlu'nun Tuğgeneralliğe terfi ettirilmeleri sonucu emekli olmuştur. Terfi ettirilen Prof. Tbp. Tuğg. Fahrettin Alpaslan Genel Cerrahi Anabilim Dalı Başkanlığına, Prof. Tbp. Tuğg. Sabri Devecioğlu ise Gastroenterolojik Cerrahi Bilim Dalı Başkanlığı'na atanmışlardır. Prof. Dr. Fahrettin Alpaslan 30 Ağustos 1994 tarihinde Tümgeneralliğe yükseltilmiş ve Anabilim Dalı Başkanlığı yanında GATA Komutanlığı ve Tıp Fakültesi Dekanlığı ile de görevlendirilmiştir. Bu dönemde cerrahi uygulama yönünden pankreas transplantasyonu ve karaciğer transplantasyonu denemesi yapılmış ve Prof. Tbp. Tümgeneral Fahrettin Alpaslan'a bu nedenle ödül verilmiştir.
Bu dönemde dekan ve baştabip yardımcılığına atanan Prof. Tbp. Alb. Derviş Şen aynı zamanda (1995-1998) Gastroenterolojik Cerrahi Bilim Dalı Başkanlığı ve Askeri Sağlık Hizmetleri Merkez Başkanlığı görevini de yürütmüştür.
Prof. Tbp. Tümgeneral Fahrettin Alpaslan'ın 1998 tarihinde emekli edilmesinin ardından Tuğgeneralliğe yükseltilen Prof. Dr. Derviş Şen Genel Cerrahi Anabilim Dalı Başkanı olarak atanmıştır. Prof. Tbp. Tuğgeneral Derviş Şen 30. 08. 2002 tarihinde Tümgeneralliğe yükseltilerek GATA Komutan Bilimsel Yardımcısı Askeri Tıp Fakültesi Dekanı ve Eğitim Hastanesi Baştabibi olarak görevlendirilmiştir. Bu dönemde cerrahi uygulama alanında Sağlık Bakanlığı'nca akredite edilen transplantasyon komitesince (Prof. Hv. Tbp. Alb. Sadettin Çetiner Başkanlığında) Karaciğer Transplantasyonu da rutin cerrahi uygulama haline gelmiştir.
Prof. Tbp. Tümgeneral Derviş Şen'in Dekan olarak atanması ile boşalan Genel Cerrahi Anabilim Dalı Başkanlığı'na ise 30 Ağustos 2004 tarihinde Prof. Tbp. Tuğamiral C. Turgut Tufan atanmıştır. 30 Ağustos 2005 tarihinde generalliğe yükseltilen Prof. Hv. Tbp. Tuğgeneral Sadettin Çetiner ise Gastro-enterolojik Cerrahi Bilim Dalı Başkanlığı'na getirilmiştir. Bu dönem içinde Gülhane Askeri Tıp Akademisi Eğitim Hastanesinde restorasyon faaliyeti kapsamında Genel Cerrahi Anabilim Dalı'nın konuşlandığı katlarda önemli alt yapı değişiklikleri gerçekleştirilmiştir. Her iki kat çağdaş hastane mimarisine uygun olarak yeniden restore edilmiştir. Bu kapsamda yeniden dizayn edilip yaşam destek üniteleri ile donatılan 17 yataklı yoğun bakım üniteleri, hasta koğuşları ve proktoloji laboratuarı ile örnek bir cerrahi kliniği oluşturulmuştur.
Halen Prof. Tbp. Tuğamiral C. Turgut Tufan'ın başkanlığını yürüttüğü Genel Cerrahi Anabilim Dalı kuruluşunu takip eden 100 yıllık süre içinde 87 öğretim üyesi yetiştirmiş ve 466 hekime genel cerrahi uzmanlık eğitimi vermiştir.
Bu dönem içinde Genel Cerrahi Kliniklerinde yetişen ve görev yapan öğretim üyeleri;
İstanbul Üniversitesi. Tıp Fakültesinde: Dr. Orhan Abdi Kurtaran, Prof. Dr. Aladdin Vardar, Dr. Kerim Sebati Güngör
Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesinde: Prof. Dr. Kamil Sokullu, Prof. Dr. Kenan Kayır, Prof. Dr. Naci Ayral, Prof. Dr. Orhan Bumin, Prof Dr. Hilmi Akın, Prof. Dr. Cihat Borçbakan, Prof. Dr. Avni Duraman, Prof. Dr. Rıdvan Ege Prof. Dr. Ercüment Gürel, Prof. Dr. Güngör Sami Çakırgil
Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesinde: Prof. Dr. Hüsnü Göksel
Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesinde: Prof. Dr. Süha Demirtaş, Prof. Dr. Acar Tokcan
Konya Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesinde: Prof. Dr. Asım Duman (önce Dicle Ü.), Prof. Dr. Yüksel Tatkan
Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesinde: Prof. Dr. İbrahim Sanal
Kocaeli Üniversitesi Tıp Fakültesinde: Prof. Dr. Oğuz Özbay
Süleyman Demirel Üniversitesi Tıp Fakültesinde: Prof. Dr. Mahmut Bülbül
Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesinde: Prof. Dr. Süha Aydın kurucu üye ya da öğretim üyesi olarak görev almışlardır.
Aynı dönemde Genel Cerrahi Kliniklerinde yetişen Öğretim Üyelerince Gülhane Askeri Tıp Akademisi bünyesinde:
Göğüs-Kalp-Damar Cerrahisi Kliniği (Prof. Dr. Süha Demirtaş-1968)
Beyin Cerrahisi Kliniği ( (Prof. Dr. Zinnur Rollas-1958)
Plastik ve Rekonstrüktif Cerrahi Kliniği (Prof. Dr. Necdet Albay-1941)
Ortopedi ve Travmatoloji Kliniği (Prof. Dr. Rıdvan Ege, Prof. Dr. Faham Sipahioğlu-1962)
Çocuk Cerrahisi Kliniği (Prof. Tbp. Tümgeneral Fahrettin Alpaslan-1981)
Gastroenterolojik Cerrahi BD (Prof. Tbp. Tuğg. Sabri Devecioğlu- 1989) kurulmuştur.
Günümüzde GATA Tıp Fakültesi 1000+200 yataklı Eğitim Hastanesi ana binası (A Blok) 1. ve 2. katı ve Acil Cerrahi kliniğinde konuşlanmış Genel Cerrahi Anabilim Dalı, 17 öğretim üyesi, 27 uzmanlık öğrencisi ve 150 klinik 17 yoğun bakım yatağı ile hizmet sunmaya devam etmektedir.